Nifti, Cifti, Gifti文件简短的介绍

Posted by WangW on December 30, 2019

Update: 下载Connectome Workbench,使用 wb_command -file-information <filepath> 来看以下文件的简单信息. 或者直接使用txt软件打开文档


Nifti

一个实际图像表头如下:

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<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'
sizeof_hdr      : 348
data_type       : b''
db_name         : b''
extents         : 0
session_error   : 0
regular         : b'r'
dim_info        : 0
dim             : [  3 260 311 260   1   1   1   1]
intent_p1       : 0.0
intent_p2       : 0.0
intent_p3       : 0.0
intent_code     : none
datatype        : float32
bitpix          : 32
slice_start     : 0
pixdim          : [-1.   0.7  0.7  0.7  2.4  0.   0.   0. ]
vox_offset      : 0.0
scl_slope       : nan
scl_inter       : nan
slice_end       : 0
slice_code      : unknown
xyzt_units      : 10
cal_max         : 0.0
cal_min         : 0.0
slice_duration  : 0.0
toffset         : 0.0
glmax           : 0
glmin           : 0
descrip         : b'FSL5.0'
aux_file        : b''
qform_code      : mni
sform_code      : mni
quatern_b       : 0.0
quatern_c       : 1.0
quatern_d       : 0.0
qoffset_x       : 90.0
qoffset_y       : -126.0
qoffset_z       : -72.0
srow_x          : [-0.7  0.   0.  90. ]
srow_y          : [   0.     0.7    0.  -126. ]
srow_z          : [  0.    0.    0.7 -72. ]
intent_name     : b''
magic           : b'n+1'

没什么好说的,表头中intent_code,intent_name, dim 说明储存数据的意义;剩下的进一步说明数据详细信息,比如用qform_code说明通过q仿射矩阵能将实际坐标转到MNI空间去。

nifti-2有一些小变动,主要是表头类型,比如short dim[8]变成int64_t dim[8]等,具体细节不表。

Cifti

cifti-1:

cifti-2:

Gifti